咖啡因是在适当烘焙后的咖啡中发现的生物活性混合物的极小一部分，其他物质包括：
(1)抗氧化剂绿原酸（CGA）；
(2)活性内酯（熟知的奎尼丁），适当烘焙时由CGA3形成；
(3)烟酸；(4)矿物质（锰、钾、铁、锌等）等。
每一杯咖啡的咖啡因最终含量各不相同，阿拉比卡咖啡含1%，罗布斯塔咖啡含2%。咖啡醇和咖啡豆醇显示出有抗癌的特性。煮咖啡使人类胆固醇升高的情况与所含的双萜烯成分有关。
咖啡还含有蛋白黑素，它是一种具有抗氧化活性的棕黑色物质
