咖啡果实在采摘后需要尽快运送到处理厂进行处理，但因其国内设施匮乏，无法在第一时间对果实进行处理。果实在被采摘后堆积在一起，因缺乏通风会持续发展加速发霉和腐烂，腐败的果实会影响咖啡的品质，出现瑕疵风味。
而近些年的卢旺达在咖啡的生产加工环节有了很大的进步。首先咖啡果经由人工采摘；全国各地咖啡设立咖啡生产合作社，对咖啡农进行技术上的指导；咖啡农在采摘后尽快送往咖啡处理站进行清洗和筛选，挑选成熟优质的咖啡果进行加工
